早期馬祖居民胃癌與肝癌死亡率高達全國四至五倍，許多年輕壯年因病早逝，然而臺大醫療團隊在一九九五年跨海啟動研究後，竟面臨「前五年未篩檢出一名胃癌病人」的沉重低谷。消化醫學先驅林肇堂拒絕放棄，攜手陳建仁與當地衛生局調整方向，以血清胃蛋白酶原初篩搭配胃鏡克難篩檢，最終成功證實「根除幽門螺旋桿菌能有效降低胃癌發生率」，將馬祖經驗推向全球成為國際公衛防治準則。
反敗為勝的馬祖計畫
「有前面的錯誤，才有後面的修正。原來的路不通，就再開一條路。」
「馬祖計畫」是林肇堂率臺大胃腸研究團隊一九九五年於離島馬祖開啟的消滅胃癌研究計畫，執行時間長達二十多年。「前五年沒篩檢出一個胃癌病人。」想起計畫展開後，一千八百多個日子投入的人力物力，有如把石頭丟進深海，連「撲通」的回音都沒有，林肇堂嘆氣。
「經過檢討、改進，謀定而後動，最後反敗為勝，研究團隊證實除掉幽門螺旋桿菌可以降低胃癌發生率，馬祖經驗成為全球胃癌防治準則！」他驕傲地說。
來自馬祖的護士建議：「研究胃癌應該去馬祖」
馬祖計畫的起源，來自林肇堂在公保門診中心門診時的一名跟診護士。「她是馬祖人，知道我要研究胃癌，說我應該去馬祖，因為馬祖罹患胃癌的人很多。」護士的建議，加上馬祖剛解除戰地政務，馬祖衛生局迫切想解決居民健康問題，向臺大求援，天時地利人和，臺大與馬祖合作啟動「馬祖計畫」。
政府遷臺後，在馬祖及金門實施戰地政務軍事管制。一九八七年政府宣布解嚴，但只有臺灣本島解嚴，馬祖及金門沒有，一直到一九九二年十一月七日，行政院才正式宣布終止金馬地區的戰地政務。
在實施戰地政務軍事管制時，馬祖及金門的醫療與衛生行政完全由軍方主導。戰地政務終止、回歸地方自治後，連江縣政府才在一九九三年一月一日成立連江縣衛生局，首任局長劉增應為土生土長的馬祖子弟，高中畢業後經馬祖人才培育後計畫的管道，成為臺北醫學院(現臺北醫學大學)醫學系公費生，完成醫師訓練返鄉在連江縣立醫院服務，一路做到院長，並在馬祖解除戰地管制後，成為馬祖第一任衛生局長。
他上任後首先想解決的，是馬祖居民胃癌及肝癌死亡率偏高的問題。統計發現，馬祖胃癌與肝癌死亡率為全國的四至五倍，許多人四、五十歲正值壯年就因病去世，對家庭的影響很大。
劉增應寫信請教當時臺大流行病學研究所教授陳建仁，此時林肇堂也正找陳建仁合作進行馬祖胃癌流行病學調查，三股力量結合，林肇堂協助馬祖訂定「消化系癌五年防治計畫」，連江縣成為全國第一個針對胃癌及肝癌實施成人篩檢計畫的縣市。
研究團隊雙管齊下，當時任教臺大流行病研究所的陳建仁負責馬祖流行病學及環境衛生的調查，林肇堂負責胃癌篩檢的部分。那時臺灣防治肝癌已有相當成就，由臺大醫學院教授許金川創立的肝病防治學術基金會，正在臺灣本島各地積極進行肝癌篩檢，超音波掃描儀又是臨床上篩檢與診斷肝癌最好用的工具，肝癌這一塊不是問題，但尋找早期胃癌病人則是新挑戰。
為馬祖客製早期胃癌篩檢計畫
林肇堂參考日本的做法，日本胃癌盛行率高，日本醫界認為血清之胃蛋白酶原（pepsinogen）檢測異常者，罹患胃癌風險較高，因為數值偏低可能代表胃部已經發生「萎縮性胃炎」或「腸上皮化生」等癌前病變的徵兆。因此研究團隊規劃檢驗馬祖居民血液中胃蛋白酶原的數值做為初篩，再進一步為數值偏低的民眾做胃鏡檢查。
研究團隊展開前置作業，請馬祖衛生所人員先調查家中長輩或直系親屬罹患胃癌者，再進行抽血，然後將收集到的血液送到臺大醫院檢驗。
一九九五年，研究團隊第一次登上馬祖，馬祖那時沒有胃鏡及相關設備，也沒有腹部超音波掃描儀，研究團隊跟醫療儀器廠商元佑公司（Olympus）商借三套胃鏡設備，又跟老達利公司商借一臺超音波掃描儀，從臺北運過去。為了替馬祖居民做肝臟超音波檢查，林肇堂拜託許金川帶子弟兵同行。
那時去馬祖交通不便，南竿機場尚未興建，北竿機場腹地小，只能飛小飛機，起降受天候影響很大。而研究團隊攜帶大批醫療儀器、設備及相關醫材過重，也無法搭乘小飛機，只能搭乘航行臺灣與馬祖之間的臺馬輪從基隆港出發。在臺灣海峽海面上顛簸一整夜，林肇堂說：「很多學生吐到膽汁都吐出來了。」
吳明賢、王世晞都是當年第一批隨林肇堂到馬祖的團隊成員。吳明賢回憶，「晚上十點開船，早上六點到。晚上開船是想讓大家睡一覺就到馬祖，但臺灣海峽風浪大，船實在晃得太厲害，根本沒辦法睡。」王世晞則對臺馬輪靠岸後，一群大男人輕手輕腳把珍貴的胃鏡及超音波設備搬上岸的畫面印象深刻。
儘管在海上這一夜沒能好好休息，但到了馬祖，研究團隊還是馬上展開一整天繁忙的篩檢工作。
林肇堂率年輕醫師在南竿連江縣衛生局大樓的樓梯間下面擺張病床，克難地操作胃鏡檢查。小小的診療室則供親自押運超音波掃描儀的老達利公司經理鄭炳宏布置成超音波檢查室，以便進行檢查。
馬祖共有三十六個島嶼及礁嶼，居民集中南竿、北竿、東莒、西莒、東引五個島，每個島都有受檢民眾。停留馬祖的三天，醫療團隊還得移動到其他島嶼為居民做檢查。「每次從這個島到那個島，都要小心翼翼把機器包裝妥當，搬上小船。」林肇堂表示，胃鏡每次用畢都要清洗消毒，「在臺大醫院是用機器清洗，但在馬祖，只能用人工來清洗。」為此他特地帶了兩名資深的技術人員王英祥及潘振榮到馬祖，每天穿著防水衣，清洗七、八十支胃鏡檢查管。
